버그신고입니다 -.-;;
소스를 뜯어보진 않아서 모르겠지만..

PrototypeJS 1.6.0용 MSGBox_prototype_061.zip (1.9kb) 3 Downloads
로 테스트 했고요

1. callback 지정을 안할 수 없는듯?
테스트하신 환경이 어떤 환경이신지 모르겠지만 저는 전혀 안대고 있습니다 (FF2,IE6,Opera9,Safari3)

<script type="text/javascript" src="../lib/prototype/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="./MSGBox_prototype.js"></script>

이렇게 하고

var msg = new MSGBox({width:200, height:120, collision:true, callback:''});
msg.drawBox('긴 제목줄은 어떻게 될까요? 테스트해봐요','emotiecons.png','내용');

를 했는데 에러가 뜨네요 (this.option.callback is not a function)
callback 항목을 없애도 안되고.. 뭔가 콜백없이는 실행이 안되는듯하네요 --;;;

2. 두개 이상 띄우면 비정상 동작.
두번째 뜨는 창은 뜨긴하는데 아예 동작은 안하네요 (심지어 첫번째 창까지 비정상적으로 되버립니다.)
두개이상띄우면 타이틀바의 크기도 커지고(아마 글자 자르는 루틴이 깨지는듯합니다) 타이틀도 두번째껄로 바뀔때도 있고 안바뀔 때도 있고 -.-;;

3. 그리고 뭔가 표준에 맞지 않는지.. 확인해 보세요 (바쁜관계로 정확한 원인까진 찾아보지 않았습니다.)
FF2와 Safari 에서는 absolute한 포지션으로 위치하지 않습니다. 드래그도 제대로 안되고요 (IE와 Opera에서는 다행히도? 동작하네요.)

1. 수정된 부분인데.. 올려진 소스가 업데이트가 안된것 같군요 ;; 이런...
2. messagebox는 alert 기준으로 작성되었습니다. 말씀하신 부분은 추후기능으로 생각하고 있구요 ㅎㅎ
3. 내용을 정확히 모르겠군요...해당 내용을 메일로 보내주실 수 있는지요 to@blankus.net 입니다. 저는 기본이 FF2라....